Пережив лихолетья перестроек и реформ, когда производство молока и мяса в совхозе упало на 40 процентов, а годовой удой на корову снизился до 3003 кг, предприятие вернулось к прежним темпам развития. За последние пять лет с 2005 по 2009 годы рост производства молока составил 160 процентов и достиг 9235 тонн. Сегодня поголовье крупного рогатого скота в ОАО «Агрофирма «Вельская» насчитывает 3378 голов, в том числе 1350 коров. Продуктивность коров по итогам 2009 года составила 6841 кг молока на одну корову в год. С 2005 года предприятие является племенным репродуктором по разведению крупного рогатого скота Холмогорской породы и оригинатора северного типа скота
Увеличению производства молока в хозяйстве способствуют модернизация и современный подход к технологии производства. Как сообщили ИА «Двина-Информ» в министерстве АПК, за последние семь лет здесь проведен капитальный ремонт животноводческих помещений, дополнительно построено два телятника на 400 голов скота для беспривязного содержания. На молочно-товарных фермах полностью заменено холодильное и доильное оборудование. Кормопроизводство в «Вельской» развивается с учетом потребности животных по научно обоснованным нормам. Также внедрена автоматизированная система кормления телят. В период заготовки кормов определяется его качество, и на основании данных анализа с применением автоматизированной системы составляются рационы кормления по всем группам скота с учетом физиологического состояния. С 2006 года хозяйство занимается заготовкой альтернативного корма — плющеного зерна.
Руководителем агрофирмы на протяжении двух последних десятилетий являлся Виктор Александрович Шишов. Сегодня нелегкий путь в сельском хозяйстве продолжают его сыновья. Один из них, Сергей Викторович, сменил отца на посту генерального директора предприятия. Пройдя путь длиной в пять десятилетий, предприятие и сегодня продолжает занимать ведущие позиции в агропроме Архангельской области.